안데스 산맥의 그랜드 계곡과 남부 지방은 습도가 낮아 양을 키우는데 유리하다.

파타고니아에서는 축산업(특히 양), 농업(밀·과일), 어업(고래잡이), 석유를 기반으로 한 에너지산업, 광업 등 농수산업이 주를 이룬다.

안데스 산맥의 그랜드 계곡과 남부 지방은 습도가 낮아 양을 키우는데 유리하다. 현재 남아메리카에서는 약 1500만 마리의 양이 사육되고 있으며, 그 중 절반은 파타고니아에서 사육되고 있다. 양씨는 이 지역에 처음 들어온 19세기 후반부터 주요 수입원 중 하나가 되었다. 가격은 제1차 세계대전 당시 정점을 찍은 뒤 전 세계적으로 떨어지면서 파타고니아 북부의 팜파스에서 사육하는 양이 줄어드는 반면 파타고니아 중심부의 평야에서는 증가세를 보였다. 아르헨티나 중부 추부트 주는 산타크루즈와 함께 양모 생산의 주요 지역이다. 또한 양에 비해 작지만 소, 돼지, 말 등을 기르기도 한다.

서부 파타고니아 산맥과 티에라 델 푸에고를 덮고 있는 숲을 통해서도 임업이 이루어지고 있으며, 파타고니아의 강풍이 풍력 발전에 유리한 자원이 되고 있다. 또한 광물, 천연가스, 석유, 수력 등 에너지 생산은 지역 경제의 중요한 부분이다. 안데스 산맥 북부에 위치한 산 카를로스 데 바릴로체(San Carlos de Bariloche)와 수도 부에노스아이레스를 연결하는 철도 노선 등 채굴된 광물과 석유를 수송하기 위해 여러 개의 철로가 건설되었다. 또 칠레에서 물이 가장 풍부한 베이커 강과 파스쿠아 강, 아르헨티나의 산타크루즈 강에도 대규모 전력 생산과 농업용 댐이 건설됐다.

21세기부터 파타고니아 지역은 관광업을 축산업과 에너지산업 외에 지역경제의 중요한 부분으로 보기 시작했다. 혼 케이프 주변 크루즈 투어와 남극 투어는 마젤란 해협 마갈라네스의 근거지인 마갈라네스와 칠레의 양털 중심지인 푼타 아레나스를 비롯해 이 지역 유명 관광지다. 그 외에도 대서양 연안의 발데스 반도, 안데스 산맥의 페리토 모레노 빙하, 아르젠티노 호수, 남쪽의 우수아아, 티에라 델 푸에고 등의 관광 명소가 있다.